隨後疫情時代來臨，新冠病毒已由大流行轉為地方流行（endemic），並呈現季節性與週期性循環。台灣與美國CDC資料顯示，近兩年於夏季與／或冬季皆出現疫情高峰，顯示新冠已進入長期共存的新階段。臺灣大學公共衛生學院陳秀熙教授表示，新冠病毒、癌症雙向風險加乘效應，新冠再感染族群，肺癌罹患率高三‧二倍，慢性肺病罹患率增加三倍，與單次感染者相比，再感染患者後續呼吸疾病風險更高。新冠不會消失且將持續演變。隨夏季將至，民眾應提高警覺，特別是高風險族群應定期更新疫苗接種，以維持重症保護力。

陳秀熙教授指出，目前國際主流變異株以 NB.1.8.1 與XFG為代表，均具高度免疫逃脫能力，對既有感染或疫苗保護力形成挑戰。自JN.1及其子代變異株成為主流後，病毒持續跳躍式演化，造成區域流行株差異與疫情不確定性增加。

國際疫情監測機構近期高度關注BA.3.2變異株的動向。陳秀熙教授說明，WHO新列入的跳躍突變株BA.3.2近五年來潛伏在社區，光是在亞洲就已經在香港、韓國、日本、新加坡等地現蹤，由於此變異株具顯著免疫逃脫特性，需密集持續追蹤觀察。

台灣感染症醫學會理事長張峰義提醒，儘管新冠整體病例數較數年前高峰期下降，但是重症病例數仍然非常可觀， 疾管署統計數據顯示，二○二五全年累積一七二七例新冠併發重症本土病例，與流感不相上下。其中，新冠重症個案中近七成為六十五歲以上長者、八成為慢性病患者。此外，新冠重症患者的死亡率高達二十三%，相當每4位新冠重症患者便有一位死亡。

張峰義理事長強調， 根據二○二四年發表的台灣全國性世代研究，新冠再次確診患者在感染後三十天內的全因性死亡風險，是未再次感染者的四‧二九倍。而依據疾管署二○二三年血清抗體調查推估，全國近八成人口曾感染過新冠病毒，意味著八成民眾具備再次感染的條件，隨著體內抗體濃度隨時間衰退，保護力的有效期限持續縮短，二次感染威脅不容低估。

面臨可能的夏季新冠疫情，中華民國基層醫療協會理事長林應然呼籲六十五歲以上長者、慢性病患者、肥胖及孕婦等高風險族群，一旦出現發燒、喉嚨痛等呼吸道症狀，應積極於二十四至四十八小時內，安排檢測並就醫，把握五日內就醫黃金治療期。平時落實勤洗手戴口罩、施打疫苗更新病毒碼以降低重症風險。