環境部持續關注並清理高雄、臺南界河的二仁溪河道廢棄物，致力改善二仁溪水質，該河道廢棄物經環境部及經濟部共同努力下，自九十八年迄今執行包括「二仁溪河道廢棄物清理實施計畫」（第一期計畫），已移除廢棄物計約十三·六萬公噸，執行經費超過新臺幣十億元。環境部表示，二仁溪經過數十年的整治已有明顯成效，嚴重污染河段於九十年為六十五·二公里，至一一二年已大幅降低為十七·三公里。

為解決二仁溪河道廢棄物問題，環境部除分別於一○八年、一一○年補助臺南市政府清理河道裸露廢棄物外，並委託工業技術研究院執行河道廢棄物場址之環境調查、清理方案評估，再於一一三年執行廢棄物乾溼篩分試驗計畫，有效評估廢棄物量體及尋求最佳清理方案。環境部表示，為求澈底解決二仁溪問題，該部提供臺南市政府上述計畫執行成果做為參考，臺南市政府於彙整高雄市政府清理計畫後，研提專案計畫送環境部審核，並爭取行政院核定。