關於有媒體報導指稱經濟部水利署第六河川分署刻意打開淤塞，使廢水排入曾文溪一事，第六河川分署昨（十三）日表示，近期為因應巴威颱風及汛期防洪需求，辦理排水路清疏及水門維護等作業，降低颱風期間路上積水、淹水風險，自七月六日早上八時起便保持水門開啟，主要目的在維持排水路暢通，均屬必要且例行性的防汛措施，無其他考量。

第六河川分署指出，各項防洪閘門操作均依水門標準作業程序（SOP）辦理，巴威颱風威力強大，該分署以防洪安全及排水需求為唯一考量，水門平常也多保持開啟，保持水路暢通，若預防外水太高、海水倒灌，才會關閉水門。所謂「被水沖走」應是因為降雨導致的自然現象，與該分署無涉。