关於有媒体报导指称经济部水利署第六河川分署刻意打开淤塞，使废水排入曾文溪一事，第六河川分署昨（十三）日表示，近期为因应巴威台风及汛期防洪需求，办理排水路清疏及水门维护等作业，降低台风期间路上积水、淹水风险，自七月六日早上八时起便保持水门开启，主要目的在维持排水路畅通，均属必要且例行性的防汛措施，无其他考量。

第六河川分署指出，各项防洪闸门操作均依水门标准作业程序（SOP）办理，巴威台风威力强大，该分署以防洪安全及排水需求为唯一考量，水门平常也多保持开启，保持水路畅通，若预防外水太高、海水倒灌，才会关闭水门。所谓「被水冲走」应是因为降雨导致的自然现象，与该分署无涉。