康芮颱風過境後影響河川水體，臺南市政府水利局二日清晨巡視臺南運河水面時，發現永華橋至樂利橋區間有魚群死亡，即刻通報環保局處理；市長黃偉哲對此相當重視，責成水利局了解原因並進行緊急處理。

水利局表示，根據研判，魚群死亡原因與康芮颱風帶來的急降雨及氣溫劇變，造成運河溶氧偏低及水體翻騰有關，環保局已持續派員清理河道死魚；水利局也緊急調度多台水車載運水資源回收中心回收水，於運河盲段進行灑水作業來置換水質及提高溶氧措施；另中正及民生截流站20臺曝氣設備同時延長運行時間，以穩定水體的溶氧量，提供魚避空間。