鳳凰颱風入夜後逐漸影響臺南沿海地區，南市災害應變中心十一日上午一級開設，水利局及各區公所針對轄內淹水熱點巡檢，市長黃偉哲指示加強側溝、下水道及區域排水清疏，沿海如七股地區排水護岸強度不足需注意大潮影響，並宣布十二日停班課；為保障市民安全，水利局晚間緊急補強大塭寮排水臨時護岸加高，期將七股地區水患風險降至最低。

水利局長邱忠川表示，截至十一日晚間六時，臺南最大累積雨量前三為關廟區、歸仁區及左鎮區，受東北季風影響，鳳凰颱風整體預測路徑向南調整，也提醒未來幾日臺南仍受颱風雲系影響，需留意短時強降雨。

邱忠川局長指出，黃偉哲市長重視七股防洪力，向水利署爭取五千萬元辦理「大塭寮排水整治工程」，進行四百公尺排水路改善及簡易抽水平台建置，水利局也推多項海岸防護措施，包含緊急搶修七股區西寮社區防洪牆加高六百公尺、將軍區青鯤鯓社區防洪牆加高四百公尺，並於七股區鹽埕里建構三道總長達二千公尺防線，同時推動青山港汕沙腸袋工程八百五十公尺，有效抵禦楊柳颱風及天文暴潮雙重威脅。

邱忠川強調，面對鳳凰颱風來襲，水利局也針對大塭寮排水臨時設施耗損部分辦理太空包補強加固總長約一百廿公尺，確保全市防汛無虞，另爭取「七股區三股抽水站及滯洪池治理工程」，中央核定六千萬元，預計十一月中開標。