律師蔣瑞琴表示，太極門案是戒嚴結束後，假宗教掃黑之名、行政治整肅之實的「假案」。檢察官除了刑事手段，也找國稅局稅務員史越生作偽證據，作為起訴證據，再由調查局將起訴書等資料移送國稅局課稅。國稅局本應進行職權調查，但台北國稅局捨棄職責沒有查核直接抄調查局認定之金額。且沒有經過｢報經財政部核准｣的法定程序，就用所得稅法第83條之一推計課稅，違反正當法律程序的稅單根本是自始無效。解決太極門案，是台灣從「威權轉型」進入到「民主鞏固」時期「轉型正義」的積極實現。

會計師王明懿表示，刑事法院三審早已判決太極門確定無罪、無稅，無違反稅捐稽徵法，認定弟子之「敬師禮」屬免稅贈與所得，且贈與稅之納稅人應為弟子而非掌門人，原課稅主體顯然錯誤。從課稅到執行皆屬違法，不僅耗損社會資源，更侵害人權。基於實質正義應高於法安定性，即便案件經行政法院確定，原處分機關仍可依《行政程序法》第117條主動撤銷違法處分。

律師Charlotte Lee指出，兩公約國際人權審查將宗教自由視為重要指標，並關注政府是否透過稅務制度與行政監督影響宗教團體運作。國際案例顯示，稅制或行政措施若造成宗教團體負擔，即可能構成對宗教自由的干預。太極門案中，弟子敬師禮被稅務機關認定為補習班學費收入並課稅，將宗教行為誤導成經濟交易，侵害信仰自由。案件歷經30年，在課稅錯誤已明確後仍未撤銷稅單，形成「應作為而不作為」的國家責任。

法稅改革聯盟發起人暨仲裁人陳逸南指出，太極門民國81年度的稅務處分存在「重大明顯瑕疵」，政府應依職權確認其為無效處分。呼籲政府應該快點解決此案，否則國際上對台灣的人權評價是相當負面的。