臺灣的河川水質近年來持續改善！根據環境部長期監測數據，過去二十多年來，政府與地方共同努力，優先改善嚴重污染河段。嚴重污染河川的總長度從九十一年的386.2公里，大幅縮減至一一三年的74.6公里，減少近八成；嚴重污染測站數也從六十六站降至歷史新低的七站。

造成河川污染的三大主要來源是生活污水、工業與畜牧廢水。環境部近年來持續檢討並推動多項政策，包括加嚴放流水標準、修正水污染防治費收費辦法、推動廢水綠色轉型與資源化，以及強化水污染總量管制，確保污染削減工作持續推進。這些努力已在各地展現成效，像是北部的南崁溪與南部的二仁溪及急水溪水質都有明顯改善。

桃園市南崁溪流域內工廠事業密度高，且過去十年間，當地人口增加近五成，水質改善面臨極大挑戰。然而，透過提升污水下水道接管率與穩定操作既有四處水質改善現地設施外，一一三年由產、官、學協力推動的「南崁溪氨氮削減設施」開始啟用，污染指數（RPI）從九十一年的嚴重污染（6.1）改善至一一三年的中度污染（4.8），脫離嚴重污染行列。另臺南市產業結構轉型，使二仁溪支流三爺溪帶來發展與環境的雙重壓力，除積極推動污水下水道建設與操作既有三處水質改善現地設施，一一三年更透過環境部補助「虎尾寮水資源回收中心」擴建工程的完工，強化污染源截流，三爺溪水質得以穩定改善，RPI從九十一年的嚴重污染（8.3）改善至一一三年的中度污染（5.1）。

此外，屬全國最大酪農區的臺南柳營區八翁里，由環境部補助設置「八翁里畜牧糞尿資源化處理中心」也在一一三年完工啟用，回收畜牧廢水產出沼液及沼渣，灌溉狼尾草田，同時利用沼氣發電，除減少污染排放使水質漸獲改善外，更助攻減碳與資源循環，也使急水溪脫離嚴重污染露出曙光，顯示環境部補助一一三年完工啟用的三處亮點工程均為水質改善起了良好的作用。

環境部除了設施推動外，自一○四年起，推動水污染總量管制，並加強對重金屬污染的監測與管制，成果顯著。至一一三年，四十四條高污染潛勢圳路已全數解除列管，全國七十七處監測點共執行五一六次監測，重金屬（銅）污染合格率達九十九%。