經濟部指出，補助企業須善盡社會責任，情節重大違規必依法追回。依據《產業創新條例》核予的補助及獎勵案件，經濟部皆依循嚴謹法規與程序進行追蹤與處理，對於經審查認定為「情節重大」之違規情事，該部均依法追回相關補助款項，以確保國家資源運用符合社會期待。

有關臺灣民眾黨團引述審計部調查質疑經濟部「違法企業拿補助、縱容不追回」一事，經濟部十日提出說明。該部表示，「產業創新條例」第七十條第二項規定，企業申請補助或租稅優惠，若近三年有違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且「情節重大」者，不得申請，並應追回已獲得之獎勵或補助。經濟部依據法律之授權訂定「經濟部租稅優惠及補助或獎勵案件有違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大認定要點」，是授權中央目的事業主管機關來認定「情節重大」之情形，這是依據母法之授權，絕對沒有違法。

經濟部指出，該部每年於年底彙整所有補助案件，並函請勞動部、衛生福利部及環境部，依據前述認定要點第四點規定，清查企業近三年是否有違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律之情事，包括勒令歇業、撤銷許可，以及違反《職安法》或《勞基法》達一定罰鍰金額等「情節重大」樣態。隨後該部會召集由勞動、環保、食安領域主管機關代表及外部專家學者組成的審查委員會，針對涉有重大違規情節的個案進行逐案討論認定。

外界指稱經濟部僅追回一件補助款，經濟部說明並非事實，並表示其所引用之資料僅為技術司公告資料，未涵蓋該部所屬各單位。

該部近五年經審查委員會認定，屬「情節重大」者共計八家廠商，包括臺鍍科技、華鉬實業、遠東新世紀、新光三越、詠先公司、臺灣湯淺電池、臺群工業及千興不銹鋼等。這些經認定為情節重大之案件，其已核定的補助款，總計新臺幣約一億七二八萬元均依法追回或停止撥付，並於網站公告。

另以曾因大火造成警消人員傷亡之敬鵬公司為例，經濟部說明，該公司於一○八年被認定為違法情節重大，相關補助款一一六九萬元都已全數追回，依規定三年內均不得再申請，至於其後雖於一一一年裁罰一○五萬元，經審查會審查未達情節重大標準，絕無縱容企業不追回補助款之情事。