營利事業申報研究發展支出投資抵減時，應將從事研究發展所取得之政府補助款，自適用投資抵減之研究發展支出中減除。

財政部臺北國稅局指出，政府為促進產業創新升級，提升國際競爭力，鼓勵營利事業積極投入研究發展活動，於產業創新條例第十條、中小企業發展條例第三十五條及生技醫藥產業發展條例第五條規定，營利事業得就符合獎勵範圍之研究發展支出金額一定限度內享有投資抵減，抵減其應納營利事業所得稅稅額；惟同一計畫如有取得政府補助款，該補助款部分係由政府實質出資，並非由營利事業實際負擔，為避免重複適用現金補助及稅額抵減優惠，應將該補助款自適用投資抵減之研究發展支出中減除。

該局提醒，營利事業申報研究發展支出適用投資抵減，相關計畫如取得政府補助款，應自適用投資抵減之研究發展支出中減除，以免因不符規定遭調整補稅並加計利息。