經濟部水利署表示，此次花蓮馬太鞍溪堰塞湖事件帶來超過防洪保護標準四倍以上的流量，造成馬太鞍溪下游堤防多處溢堤受損二八六○公尺、河道淤積一千萬立方公尺災情，該署隨即動員所屬十四個分署人力及機具投入堤防搶修，民間業者皇昌營造、立順瀝清及中興電工也發揮企業社會責任即時支援，國軍提供夜間照明設備，已於四日完成臨時土堤的構築，提供初步的防洪保護能力。

水利署說明，本次堰塞湖事件攜帶大量土砂及瞬間洪峰水流屬極端罕見，流量高達八八六○cms，遠超過馬太鞍溪設計保護標準一百年重現期流量二○四○cms，造成沿岸多處堤防溢堤受損，九月廿三日災害發生後，水利署當日立即成立前進指揮所，並動員所屬十四個分署全力投入人力與機具搶險，搶險工作分階段進行，第一階段已於十月四日完成三公尺高土堤，共構築三道防護層，依序設置鼎塊、太空包及土堤，可達一定防護標準。

水利署長林元鵬指出，感謝民間廠商CSR投入機具、人力及材料協助、台電公司機具及國軍夜間照明支援，還有與水利署合作的廠商均第一時間趕往災區救災，方能在這麼短的時間內完成初步的臨時堤防構築，水利署將持續加固堤防並加高至五公尺，以提升防洪能力。水利署也正依據經濟部龔明鑫部長十月二日赴現場督促進度與品質時，指示水利署在土堤前方加設鋼網與混凝土進行表面處理，此為隧道工程常用之襯砌工法，可強化防水性，預計於十月十一日完成。後續目標於一一五年汛期前，完成受損堤防復建工作，恢復原有防洪保護水準。

此外，應對河道嚴重淤積問題，水利署規劃分三階段辦理緊急疏濬：一一四年底前完成疏濬一百萬立方公尺、一一五年汛期前累計疏濬三百萬立方公尺、一一五年底前累計疏濬六百萬立方公尺，此措施將有效降低深水槽高程，恢復河道通洪能力，確保堤防安全。