針對外界質疑水庫設置水面型光電可能影響水庫水質，經濟部能源署說明，全世界如日本、韓國、英國、荷蘭、美國、新加坡等國家皆已有在水庫、湖泊等水面上設置光電之成功運作案例，我國針對烏山頭水庫光電設置前後水質監測均無異常，且契約要求清水清洗，並不影響水質。

能源署強調，於水庫設置水面型太陽光電並非臺灣獨有的發展策略，依據國外（日本）試驗結果，除發電之外，亦有透過遮蔽太陽光，減少庫區內藻類孳生，減少水質優養化之發生，全世界已有民生、灌溉及工業用水庫設置成功且無發生污染水質的案例。能源署說明，烏山頭水庫已於一一一年五月廿三日併聯，契約中已要求進行水質監測以及使用清水清洗，光電板傾斜設置並可透過雨水自潔使用，環境部於「全國環境水質監測資訊網」也有公開揭露水庫水質監測資訊，光電設置前後實測均無影響水質。