针对外界质疑水库设置水面型光电可能影响水库水质，经济部能源署说明，全世界如日本、韩国、英国、荷兰、美国、新加坡等国家皆已有在水库、湖泊等水面上设置光电之成功运作案例，我国针对乌山头水库光电设置前後水质监测均无异常，且契约要求清水清洗，并不影响水质。

能源署强调，於水库设置水面型太阳光电并非台湾独有的发展策略，依据国外（日本）试验结果，除发电之外，亦有透过遮蔽太阳光，减少库区内藻类孳生，减少水质优养化之发生，全世界已有民生、灌溉及工业用水库设置成功且无发生污染水质的案例。能源署说明，乌山头水库已於一一一年五月廿三日并联，契约中已要求进行水质监测以及使用清水清洗，光电板倾斜设置并可透过雨水自洁使用，环境部於「全国环境水质监测资讯网」也有公开揭露水库水质监测资讯，光电设置前後实测均无影响水质。