臺南市政府環保局持續推動河川污染改善，透過科技儀器強化稽查取締及進行污染治理，二仁溪水質嚴重污染長度比例由民國九十一年的百分之百至去年下降至廿一點五%，降幅顯著；環保局向中央爭取的第二期電子廢棄物清除計畫正由行政院審查，核定後將立即啟動清除作業。

環保局長許仁澤表示，三爺溪為二仁溪主要支流，市府積極推動永康、虎尾寮、仁德等地區污水下水道建設，並維運四座水淨場。去年完工的虎尾寮水資源回收中心功能改善與擴建工程，透過排水截流方式淨化上游水體並回送至三爺溪，每日處理量達二點七萬噸，目標提升上游河段水質至中度污染以下。

許仁澤局長指出，從生態變化可窺見水質改善，調查發現二仁溪魚類數量逐年增加，由卅種提升至四十一種，近年並發現台灣特有種假鋸齒米蝦重返流域，另二仁溪口已連續三年記錄到黑面琵鷺現蹤。為徹底解決二仁溪電子廢棄物污染問題，一一二年向環境部爭取近千萬元，於南萣橋上游四百五十公尺處行水區內試辦乾溼分離回收方式，搭配檢測程序達成廢棄物類別分選需求；去年再向中央提出第二期經費十二點五億元補助計畫，預計清除一點七萬公噸，一旦核定，將迅速投入清除作業，加速二仁溪水環境改善。