经济部指出，补助企业须善尽社会责任，情节重大违规必依法追回。依据《产业创新条例》核予的补助及奖励案件，经济部皆依循严谨法规与程序进行追踪与处理，对於经审查认定为「情节重大」之违规情事，该部均依法追回相关补助款项，以确保国家资源运用符合社会期待。

有关台湾民众党团引述审计部调查质疑经济部「违法企业拿补助、纵容不追回」一事，经济部十日提出说明。该部表示，「产业创新条例」第七十条第二项规定，企业申请补助或租税优惠，若近三年有违反环境保护、劳工或食品安全卫生相关法律且「情节重大」者，不得申请，并应追回已获得之奖励或补助。经济部依据法律之授权订定「经济部租税优惠及补助或奖励案件有违反环境保护、劳工或食品安全卫生相关法律且情节重大认定要点」，是授权中央目的事业主管机关来认定「情节重大」之情形，这是依据母法之授权，绝对没有违法。

经济部指出，该部每年於年底汇整所有补助案件，并函请劳动部、卫生福利部及环境部，依据前述认定要点第四点规定，清查企业近三年是否有违反环境保护、劳工或食品安全卫生相关法律之情事，包括勒令歇业、撤销许可，以及违反《职安法》或《劳基法》达一定罚锾金额等「情节重大」样态。随後该部会召集由劳动、环保、食安领域主管机关代表及外部专家学者组成的审查委员会，针对涉有重大违规情节的个案进行逐案讨论认定。

外界指称经济部仅追回一件补助款，经济部说明并非事实，并表示其所引用之资料仅为技术司公告资料，未涵盖该部所属各单位。

该部近五年经审查委员会认定，属「情节重大」者共计八家厂商，包括台镀科技、华钼实业、远东新世纪、新光三越、咏先公司、台湾汤浅电池、台群工业及千兴不锈钢等。这些经认定为情节重大之案件，其已核定的补助款，总计新台币约一亿七二八万元均依法追回或停止拨付，并於网站公告。

另以曾因大火造成警消人员伤亡之敬鹏公司为例，经济部说明，该公司於一○八年被认定为违法情节重大，相关补助款一一六九万元都已全数追回，依规定三年内均不得再申请，至於其後虽於一一一年裁罚一○五万元，经审查会审查未达情节重大标准，绝无纵容企业不追回补助款之情事。