前民眾黨主席柯文哲妻子陳佩琪連續2日發文質疑南鐵地下化照顧宅容積率合法，臺南市政府除發聲明嚴正駁斥，12日並召開說明會，都市發展局長林榮川拿出「南市鐵路地下化照顧住宅VS北市京華城開發變更對照表」，強調南鐵地下化照顧宅具「重大公益性、合理性、合法性」，而京華城開發變更是「商業開發案」，陳佩琪將二件完全不同的案子拿來對比，完全是「竹篙湊菜刀」、惡意扭曲，也強調政府照顧拆遷全部過程均依法行政，程序嚴謹，評選過程也完全公開透明，呼籲勿再以不實資訊抹黑攻擊。

林榮川局長憤怒表示，南鐵地下化對臺南未來長遠發展、都市風貌影響重大，市府同仁盡心盡力做到最好，外界對南鐵地下化照顧宅惡意扭曲不僅傷害臺南，對南鐵照顧宅住戶也相當不公平；他也說明照顧宅具備「公益性、合理性、合法性」三大要點，目的是為了照顧弱勢拆遷戶，並讓南鐵地下化重大工程得以順利推動，採公有地公辦都市更新「極具重大公益性」，而京華城開發變更案則是「商業開發案」，兩案本質上完全不同。

因為鐵路地下化，原本住的房子受到拆遷，必須有新的住所的南鐵照顧宅住戶溫先生對陳佩琪發文內容表示不理解，強調為照顧拆遷戶，政府和民間合作蓋了照顧宅，讓拆遷戶以優惠成本價承購，和圖利扯不上關係。

林榮川指出，該案使用的是全國適用的通案規定或規則，皆依都市更新條例及都市計畫法等相關規定，容積率依法審核，完全合理、合法；總計申請50%容積獎勵，基地法定容積為210%，最終設計容積結果為210%x(1+50%)=315%，完全符合法令規定，並非外界謠言538.4%，也請對方針對數字來處提出說明。