关於有民众在社群网站抱怨，租金补贴补件後被通知因房东没有缴纳房屋税需缴回补贴款，对此，营建署回应表示，申请案件均有稽核机制，以确保行政审查品质，类此租屋无房屋税籍的案件发现时虽已核拨款项，但依现行规定确实未符规定，而一般未符规定样态包括顶楼加盖、租赁地址填写错误、租约不完整等，因此不得不追回。至於返还方式将按申请人的经济状况得予协议采最具弹性分期方式返还，以不影响申请人生活负担为原则，期限以一年为限，并得依经济状况再延长两年。

营建署说明，若属非住家用税率房屋，申请人可请房东向税捐主管机关申请，依实际情形认定并追溯自租赁当时变更部分为住家用税率後，检据补正即可。

营建署再补充，一一二年度为协助更多实际租屋为居住使用之家庭，已於一一二年六月二十日修正规定，对於承租房屋条件如系承租「无房屋税籍且未办理保存登记建筑物」（例如顶楼加盖），得以切结并检附相关佐证资料提出申请，至於「有房屋税籍但尚未按住家用税率课徵」者，得配合随到随办精进措施，经房东向税捐单位申请依实际情形认定全部或部分按住家用税率课徵後，於受理期限内再提出申请。

营建署表示，对於一一一年度租金补贴，因中央为首次办理，审查人员初期对作业尚不熟悉，致发生此类情形，表示歉意，强调已加强人员的专业训练，避免此类情事发生。