有关基隆市政府於112年5月31日废止该府109年9月24日原则於「基隆市水产动植物保育区」同意开发函，环保署说明，经济部於109年10月13日转送「协和发电厂更新改建计画环境影响评估报告书初稿」至环保署时，已依环评法施行细则第十一之一条规定就非属主管机关主管法规之争点予以厘清。
环保署表示，「基隆市水产动植物保育区」为非属环保署主管法规之争点，属基隆市政府依渔业法规定进行之审查，届时仍须由开发单位及目的事业主管机关（经济部）厘清说明，并依该法规办理。水产动植物繁殖保育区法规与环评法规为不同法规及程序，各自依其法规执行，因此环评仍依环评程序进行，并不以其他法规审查结果为前提。
环保署强调，「协和发电厂更新改建计画」仍在进行环评审查作业，开发单位有必要就各方所提环境疑虑意见切实回应说明，以厘清相关疑义，环评委员将秉持专业进行审查。