食品藥物管理署為確保民間檢驗機構檢驗品質，就食品、藥品、醫療器材、化粧品、濫用藥物尿液等五類領域辦理檢驗機構認證，並參照國際ISO17025:2017標準訂定「檢驗機構實驗室品質系統基本規範」，並依該規範持續執行認證檢驗機構管理，強化監督認證檢驗機構。

為利民眾辨識認證檢驗機構，食藥署推動「檢驗機構專屬實驗室認證標章」制度，標章上的認證檢驗機構編號共四碼，第一碼為認證領域，分別以F代表「食品」領域、D代表「藥品」領域、A代表「濫用藥物尿液」領域、M代表「醫療器材」領域、C代表「化粧品」領域，後三碼為通過該領域之認證編號。目前僅通過食藥署認證的檢驗機構才可以於檢驗報告上加註TFDA認證標章。

食藥署透過嚴謹的書面審查、實地查核及專家小組審議等認證程序，授予檢驗機構認證資格，針對其申請項目予以逐項認證，認證效期為三年。認證效期內，食藥署針對認證檢驗機構，以定期及不定期查核檢驗機構之設備、人員編組、品質管理、作業程序、檢驗能力及檢驗紀錄，以持續落實實驗室品質規範。截至一一三年二月，獲食藥署認證之檢驗機構共有一五二家次，認證項目數共一八五○品項。

食藥署提醒，民眾及業者如果有食品、藥品、醫療器材及化粧品的委託檢驗需求，可以上食藥署檢驗機構認證專區查詢。