真理大學法律系所教授吳景欽特別點名製造太極門假案的檢察官侯寬仁，現任法務部法醫研究所所長，不僅未受懲處，竟然持續升官。吳景欽表示，現在法務部還計畫將法醫研究所改成司法科學研究院，如果推動通過了，侯寬仁理所當然會成為院長，司法科學研究院將統合目前國內的鑑識、實驗室的認證、專業證照的發給，更扯的是將來還可以針對司法科學的疑義做最終解釋，還有司法科學倫理的制定等。「一個在起訴書裡面寫養小鬼，胡說八道的檢察官，萬一不幸給他當了院長，他要制定司法科學倫理，各位很難相信對不對？」他認為最該被司法改革的人反而在主導改革，台灣司法很悲哀。

中興大學法律專業學院院長李惠宗教授認為太極門案件應是屬於檢察官辦案求功心切，「先有結論，後有推論」的過程，也就是沒有按照法定程序的採證，從檢察官辦案，到國稅局的課稅皆屬如此。他舉例，檢察官侯寬仁不但先押人再找證據，找不到證據就發明一個養小鬼的說法，完全不符合科學化的可驗證性。還把弟子給師父的敬師禮直接涵攝為補習班的補習費，更是荒天下之大謬！

德國歐斯納布魯克大學駐台教授連福隆指出，人有免於恐懼的自由，但是台灣的司法最喜歡製造人民的恐懼。他曾經問過德國人像太極門這樣的案例，三審都贏了，德國人表示，財政部就不能開稅單，第二天錢就要還人家。

經緯法律事務所主持律師張靜指出，西方有句法律諺語：「遲到的正義不是正義。」在台灣，只要檢察官一心想上訴，誰都擋不住，像太極門案，一審判無罪，檢察官就上訴二審；二審判無罪，檢察官就上訴三審。要經由法院判決還當事人清白，常常已是不知多少年後，甚至被告在未獲清白前就已死亡或受不了官司的折磨而輕生，遲到的正義已非正義！