淡江大學外交系教授張家麟表示，太極門案牽涉到法學與宗教迫害兩層面。在宗教稅法中供養師父免稅，明明同性質的案子都沒事，為何太極門有事？太極門案至今無解，主要問題在恐龍法官、恐龍檢察官、恐龍國稅局官員，是國家暴力的問題。

中華道統聯盟主席林均霖指出，宗教掃黑已經讓宗教汙名化，宗教有穩定社會、安定民心的功能，信徒崇拜師父進而供養。太極門遭受不白之冤，應在司法的立場上有所改革，一、司法執行應更符合人性；二、針對不確定案件，給人民喘息時間，不該以矯正過度的態度執行。

台灣宗教聯合會創會執行長釋法藏法師表示，太極門案是國家人權高度的指標問題，土地遭沒收，凸顯政府自我解釋的力量很大。呼籲全民覺醒與監督，制定保障人權的合理規範，正視台灣宗教人權維護的問題。

聯合國NGO世界公民總會台灣總會人權委員會觀察員簡宏杰分析，於法，太極門冤案根本是無中生有，蓄意造假誣陷；於理，教育部明確指出太極門並非補習班，國稅局對太極門課稅基礎自始錯誤；於情，太極門獲最高法院判決確定無罪、無欠稅，並獲國家冤獄賠償，監察院亦認定本案為重大人權保障案例。他引述台灣宗教自由無任所大使暨玉山神學院院長布興･大立所言：「國家的判決已經還給他們清白，就應該照這樣執行下去了。無論是司法單位或是財務國稅局都要以最高法院的公正判決為依據，否則就是越過人權自由的底線。」