輔仁大學助理教授魏賜聰表示，從太極門案件抽絲剝繭發現，政府是最大的詐騙集團，這個國家隊包括侯寬仁檢察官、國稅局、財政部、行政法院、行政執行署等；提出十一項質問、三項指控，期盼相關官員就地睡醒，停止詐欺行為。

方律師表示，監察院調查確定侯寬仁檢察官偵辦太極門案明顯犯有八大違法，移送法務部從嚴究責議處，但法務部未予懲處，公然藐視監察權。侯寬仁不但沒有受到任何懲處，反而一路升官至廉政署副署長、法醫研究所所長，還籌劃將法醫研究所升格為國家司法科學研究院。由這樣違法濫權又缺乏人權觀、科學觀的人擔任國家最高科學鑑定機構的院長，科學鑑識極可能變成一言堂，任何其它的鑑定，將一律會被否定，要翻案也會變得更加困難。

定居英國的Annie Cheng認為，台灣缺乏一個check and balance的制度，以致於政府人員在執行上有疏失時，無法有效及時糾正與改善。面對行政法院的枉法裁判，國稅局本就可依行政程序法第117條，本於職權撤銷其違法之行政處分。

平反1219行動聯盟志工Kate指出，人民不遵守判決，可能被監禁、執行財產，但政府官員不遵守判決，卻沒有罰則，凸顯法規的極大漏洞。從太極門案，可以看到台灣的政府機關、行政和司法單位都在違法，且干涉、侵犯和阻撓人民的信仰自由，嚴重違反憲法、國際兩公約，更違反世界人權的普世價值。