环境部持续关注并清理高雄、台南界河的二仁溪河道废弃物，致力改善二仁溪水质，该河道废弃物经环境部及经济部共同努力下，自九十八年迄今执行包括「二仁溪河道废弃物清__实施计画」（第一期计画），已移除废弃物计约十三．六万公吨，执行经费超过新台币十亿元。环境部表示，二仁溪经过数十年的整治已有明显成效，严重污染河段於九十年为六十五．二公里，至一一二年已大幅降低为十七．三公里。

为解决二仁溪河道废弃物问题，环境部除分别於一○八年、一一○年补助台南市政府清理河道裸露废弃物外，并委托工业技术研究院执行河道废弃物场址之环境调查、清理方案评估，再於一一三年执行废弃物乾湿筛分试验计画，有效评估废弃物量体及寻求最佳清理方案。环境部表示，为求澈底解决二仁溪问题，该部提供台南市政府上述计画执行成果做为参考，台南市政府於汇整高雄市政府清理计画後，研提专案计画送环境部审核，并争取行政院核定。

环境部说明，已於二月四日向行政院提报「二仁溪河道废弃物清理第二期专案计画（草案）」，预计清理二仁溪河道计四处场址一般及有害事业废弃物、受污染土壤等，经费约新台币十三．四五亿元，待行政院核定後，将尽速补助地方政府办理河道废弃物清理作业，以确保环境得到妥善保护。环境部将继续努力，致力於提升二仁溪的水质与环境品质。