环境部持续关注并清理高雄、台南界河的二仁溪河道废弃物，致力改善二仁溪水质，该河道废弃物经环境部及经济部共同努力下，自九十八年迄今执行包括「二仁溪河道废弃物清理实施计画」（第一期计画），已移除废弃物计约十三______　__________________________僭§__________________________________________________　__________________孥__________________________　____________三公里。

为解决二仁溪河道废弃物问题，环境部除分别於一○八年、一一○年补助台南市政府清理河道裸露废弃物外，并委托工业技术研究院执行河道废弃物场址之环境调查、清理方案评估，再於一一三年执行废弃物乾湿筛分试验计画，有效评估废弃物量体及寻求最佳清理方案。环境部表示，为求澈底解决二仁溪问题，该部提供台南市政府上述计画执行成果做为参考，台南市政府於汇整高雄市政府清理计画後，研提专案计画送环境部审核，并争取行政院核定。