96年最高法院判决确定无罪、无欠税、无违反税捐稽徵法，并确定敬师礼是赠与性质，依所得税法第4条第17款属免税所得，弟子互助代办练功服等用品非营利贩售。与掌门人夫妇无关，没有任何欠税问题。98年遭羁押之无辜被告均获国家冤狱赔偿，再次证实太极门遭受冤抑。依据行政法院29年判字第13号判例、32年判字第18号判例及42年判字第16号判例，国税局本应依据刑事判决结果撤销违法税单。

在刑案判决确定前，前财政部次长王得山、王荣周均曾表示，太极门税务案件是从刑案衍生而来，刑案无罪，课税处分就会撤销。在最高法院宣判太极门无罪、无欠税之後，前财政部部长暨驻WTO大使颜庆章表示，对於刑事法院裁判确定所认定的事实，行政机关没有理由不加以引用。

前台湾高等法院法官兼庭长兼审判发言人温耀源(太极门刑案二审审判长)指出，起诉书、调查局的移送书，这些本来在刑事案件就不具证据能力。连证据能力都没有，居然拿这个作为凭证就来课税，当事人怎麽会服气呢？况且起诉书经过三审定谳又整个推翻，完全没有你（国税局）讲的事实，没有逃漏税、没有营业税，这是敬师金，是一个赠与，依法应该是免税。

台湾宗教自由无任所大使暨玉山神学院院长布兴__大立亦表示，国家的判决已经还给他们（太极门）清白，就应该照这样执行下去了。无论是司法单位或是国税局都要以最高法院的公正判决为依据，否则就是越过人权自由的底线。
91年监察院公布调查意见，详列侯宽仁检察官於侦办太极门案犯有违反侦查不公开、违法搜索、违法冻结资产等八大违法，移送法务部从严究责议处。并确定起诉书与证据资料存有捍格矛盾，据以提起公诉，不符证据法则。监察院并将此案选列为「第三届监察院人权保障工作汇总报告」之重大人权保障案件。

98年监察院二度调查，针对税捐机关提出纠正，指出国税局有未善尽核实调查、核定之责以及未依职权厘清所得性质等7项重大违法。调查本案之监察委员钱林慧君曾於记者会上表示，就太极门税案对国税局有七点的纠正，每一个纠正的时候，国税局就说∶「啊！我们呢！弄错了！」100年她就跟财政部长讲∶「这个应该是可以结案了。」

99年监察院三度调查，通过监委李复甸、叶耀鹏、赵荣耀提案，以「冲撞现行五权宪政体制，有重大违失」纠正法务部延宕惩处侯宽仁疏失，并函请行政院转饬法务部切实办理。然法务部仍未惩处侯宽仁，甚至让他高升为廉政署副署长、法医研究所所长。