真理大学法律系所教授/法税改革联盟发起人吴景钦认为，美国康州1985年的案件被认定误判的原因之一，是康州的法医所、检察官跟警察都是一体的，这就是公鉴定，陪审团收到了权威效应的关系。康州选择了承认错误，愿意赔偿；但台湾不是选择认错，而是让一个违法乱纪的检察官可以往上升官，而且竟然成为最需要公正客观中立的法医研究所所长，这绝对是不好的示范。
国立中兴大学法律专业学院教授李惠宗表示，司法权如同免疫系统般，是维持国家安定非常重要的机制。司法也会有判决错误的时候，这也成为最重要的问题。以前威权时代错误判决，会用转型正义来撤销确定判决；从转型正义的角度来看，撤销白色恐怖时期所做成的违法判决，的确是可以恢复的。在太极门这个指标性的案件里，如果能够得到最後的翻案，相信台湾比较理想的境界，应该是指日可待！

中华道统联盟主席林均霖表示，转型正义的原则，第一要纠正过去，第二要惩处，第三要避免未来发生。例如对待太极门不当税单的开罚，没有纠正！没有纠正哪来的惩处？没有惩处哪来的避免？甚至别谈要他们把这些事情坦诚公开，真是遥不可及啊！

律师翁意茹认为，八度被国际人权团体提送联合国人权理事会的太极门案，是高度民主化台湾至今无法抹灭的污点。台湾政府认定威权统治时期的范围，仅限於1945年8月15日至1992年11月6日，但从1996年发生的太极门案中看出，当时政府仍以威权行为来迫害太极门师徒，迫害台湾自由民主宪政秩序。面对後威权时期的政府迫害行为，转型正义亦应有所适用，始能真正平反太极门案件，落实「转型正义」的真谛。