高雄港务分公司为精进通关品质将於今（一一三）年十月进行马公港埠大楼原1、2楼旅客通关空间优化工程（设计作业中），对内部空间进行改造与重新设计通关动线，以减少拥塞现象，预计明（一一四）年四月完工。

高雄港务分公司并规划利用1号码头後线即将兴建之邮轮新旅运中心与8号码头澎湖轮旅客通关场站提供国内客船通关，完工後将可大幅分流现有港埠大楼通关旅客。

高雄港务分公司说明，每年四至九月为澎湖观光旅游旺季，受限於马公港旅客服务中心室内候船空间，出港船班过於集中，遇连假时段常造成旅客通关壅塞等问题，交通部航港局南部航务中心为进行船班分流，以达人流分散的目标，於一一三年一月十八日、三月十四日邀集各客运业者、海巡等相关单位召开研商「澎湖商港马公码头区客船航班分流协商会议」，高雄港务分公司马公管理处按照会议结论，积极配合执行，并为协助旅客迅速、顺利通关准时搭船，该分公司也於旅客通关作业前二小时加派人员与多位志工与广播系统积极疏导，维持现场排队秩序与人潮分流等服务工作，以加速通关效率，另为避免船班过於集中问题，该分公司将再持续与业者沟通宣导，务必遵守航班分流会议决议。