針對慈濟大學增設藥學系事件，藥師公會全聯會表達嚴正抗議；然而，教育部與衛福部在未徵詢藥師公會全聯會意見之下作成決定，顯非合理。另，藥師公會全聯會亦於第一時間表達，藥學教育制度與藥師執業品質、藥師人力市場，以及國民用藥健康有重大關係，不應貿然增額，相關主管機關應盤點目前藥師人力市場情況，分析其中問題，並深入了解各藥學系員額、課程、師資等情況，訂定制度推動藥學教育全面改革，精進教學品質。

吳思瑤立委日前邀集藥師公會全聯會與教育部高教司與技職司、衛福部醫事司與食藥署，共同召開協調會議。本會於會中再次聲明立場，就此，教育部承諾往後如涉及增設藥學系所等藥學議題，將事先徵詢本會表達意見，衛福部承諾於明年將發佈藥師人力調查報告；針對藥學教育改革，各方亦達成共識，同意設立藥學生員額協商平台，將於明年初開始討論訂定藥學教育品質檢視規範以汰劣擢優，並研議藥學生總額之實施。

討論結果，有關藥學系之增設，應依法針對人才培育政策與社會需求等多面向進行評估，並邀集相關代表團體(藥師公會全聯會)表達意見。其次，我國藥師人力高於國際平均，不存在匱乏問題，增額將破壞整體人力市場平衡，教育部及衛福部應研議實施藥學生總額管制制度。

教育部應全面改革藥學教育，訂定檢視規範以汰劣擢優、確保教學品質，故教育部及衛福部同意建立各校藥學生員額協商平台，並於明年初啟動相關會議，邀集藥界相關團體及大學參與。有關慈濟大學獲准新設藥學系，請教育部及衛福部定期追蹤其培育人才留任花東措施之執行。