關於有民眾在社群網站抱怨，租金補貼補件後被通知因房東沒有繳納房屋稅需繳回補貼款，對此，營建署回應表示，申請案件均有稽核機制，以確保行政審查品質，類此租屋無房屋稅籍的案件發現時雖已核撥款項，但依現行規定確實未符規定，而一般未符規定樣態包括頂樓加蓋、租賃地址填寫錯誤、租約不完整等，因此不得不追回。至於返還方式將按申請人的經濟狀況得予協議採最具彈性分期方式返還，以不影響申請人生活負擔為原則，期限以一年為限，並得依經濟狀況再延長兩年。

營建署說明，若屬非住家用稅率房屋，申請人可請房東向稅捐主管機關申請，依實際情形認定並追溯自租賃當時變更部分為住家用稅率後，檢據補正即可。

營建署再補充，一一二年度為協助更多實際租屋為居住使用之家庭，已於一一二年六月二十日修正規定，對於承租房屋條件如係承租「無房屋稅籍且未辦理保存登記建築物」（例如頂樓加蓋），得以切結並檢附相關佐證資料提出申請，至於「有房屋稅籍但尚未按住家用稅率課徵」者，得配合隨到隨辦精進措施，經房東向稅捐單位申請依實際情形認定全部或部分按住家用稅率課徵後，於受理期限內再提出申請。

營建署表示，對於一一一年度租金補貼，因中央為首次辦理，審查人員初期對作業尚不熟悉，致發生此類情形，表示歉意，強調已加強人員的專業訓練，避免此類情事發生。