實踐大學企管系副教授蔡政安表示，轉型到民主的過程不是一蹴可幾。在1988年到2016年後威權統治時期，行政權獨大，整肅異己的風氣非常盛行。1996年發生了太極門案，當時威權政府動員了許多的媒體、司法機關，用媒體抹黑、刑事詐欺起訴，還有行政課稅三部曲，導致迫害太極門信仰自由的人權案件。監察院2005年就將此案列為重大人權保障案件，等於是政府公開認證的人權重大案件。然而對於前政府不正義的迫害人權事件，現任政府處理機制卻限縮在一定的範圍及時間內，而且都只注重於補償，沒有處理名譽恢復及真相追查。政府在2016年通過不當財產條例、2017年通過促進轉型正義法案，都將時間限於國民黨執政時代的1945年到1992年期間的侵犯人權迫害案件，排除了1992年之後，事實上將許多國家公權力迫害人民案件都被排除掉，這是典型限縮式、自我閹割式的轉型正義。

蔡政安指出，1980年代全世界有一百多個國家陸續從威權獨裁轉型成民主政體，同樣面臨很多處置威權遺毒的問題，轉型正義是提供平反歷史不正義的解決機制，必須包括追查真兇、不能再犯，必須要補償、要平反，沒有時間的限制等等，成為民主法治國家治理原則的新典範。台灣離這樣新典範是遠遠不足，令人遺憾，不是只有太極門的人權迫害案件，只要是1992年之後受到政府公權力迫害的人權案件，都沒有被納入，是目前台灣轉型正義很大的缺點。
法稅改革聯盟發起人陳逸南談到，太極門案從法律層面來講，最高法院判決太極門沒有違反稅捐稽徵法，就沒有稅的問題，那麼稅單就應該收回去，可是國稅局堅持就不收回去。國外人權宗教學者專家來台灣拜訪政府官員，這時候自己就應該要謙虛地承認稅單開錯了，現在依照行政程序法117條就可以解決。到現在還沒有人有勇氣站出來！他直言：這很簡單就能平反，可是弄了這麼多年，浪費很多人力資源、司法資源、政府資源，實在很不值得。

太極門案受到國際矚目，成為檢驗台灣轉型正義是否成功的試金石，也是台灣是否落實人權保障的指標。回顧2022年7月13日多位國際知名宗教學者和人權專家簽署了一封致台灣最高當局的公開信，呼籲解決太極門案。「太極門從未違法，也沒有逃稅。」因此，沒有理由不把修行聖地歸還給太極門。至今年四月國際組織已七度將太極門案提交聯合國人權理事會，CAP-LC提醒人權理事會，太極門案「說明了以稅收和沒收財產的手段，作為歧視及迫害宗教與心靈少數團體的可怕後果。這不符合宗教或信仰自由的國際原則。」CAP-LC要求所有相關當局停止這些形式的歧視行為。