國立高雄大學法學院財經法律學系教授張永明分析，納稅人權利應該要被尊重和維護，司法救濟制度應該是人民權利最後一道防線，但在太極門案件，不同年度本質上並沒有差異，但是結果卻不同；司法是不是能夠提供改正？給予納稅人權利保障？否則會形成不平等。應該讓這案件獲得圓滿的結束。

台北律師公會人權委員會委員黃帝穎律師表示，對獨裁政權而言，用稅的方式去影響一個人，是非常容易的。法律的本質是保障人權，當法律沒有發生保障人權的效果，就不是實質正義的法律。太極門冤案，相同性質六個年度，五個年度不用繳稅，只有一年要繳，代表國家判斷有前後不一的問題。依行政程序法第117條，雖然法定救濟期間過了，原處分機關或上級機關還是可以對違法行政處分逕行撤銷，回歸實質正義。

助理教授魏賜聰指出，太極門人權迫害案源自於侯寬仁檢察官違法偵辦。監察院曾調查侯寬仁有八大違法並行文法務部要求從嚴究責議處，並確定起訴書與證據資料存有扞格矛盾，據以提起公訴，不符合證據法則；但是至今違法檢察官都沒有受到懲處，太極門人權迫害案所揭露的問題，至今也沒有變革，顯示執政者的傲慢與不負責，對不起人民。
魏賜聰舉出法令明文規定氣功不准設立補習班；根據臺灣省政府教育廳(民國)86年6月20日(86)教五字第69135號函，關於五術(面相、手相、地理、風水、氣功、易經、紫微等)之傳授似屬民俗技藝，與短期補習班設立目的不合，依規定不准設立補習班。更何況，教育部（補習班所屬的主管單位）已多次發函證明太極門並非補習班，足證國稅局開單課稅自始違法，所以(民國)81年度是枉法裁判。可惜所有的官員竟然棄之不顧，呼籲政府馬上解決。