国立高雄大学法学院财经法律学系教授张永明分析，纳税人权利应该要被尊重和维护，司法救济制度应该是人民权利最後一道防线，但在太极门案件，不同年度本质上并没有差异，但是结果却不同；司法是不是能够提供改正？给予纳税人权利保障？否则会形成不平等。应该让这案件获得圆满的结束。

台北律师公会人权委员会委员黄帝颖律师表示，对独裁政权而言，用税的方式去影响一个人，是非常容易的。法律的本质是保障人权，当法律没有发生保障人权的效果，就不是实质正义的法律。太极门冤案，相同性质六个年度，五个年度不用缴税，只有一年要缴，代表国家判断有前後不一的问题。依行政程序法第117条，虽然法定救济期间过了，原处分机关或上级机关还是可以对违法行政处分迳行撤销，回归实质正义。

助理教授魏赐聪指出，太极门人权迫害案源自於侯宽仁检察官违法侦办。监察院曾调查侯宽仁有八大违法并行文法务部要求从严究责议处，并确定起诉书与证据资料存有捍格矛盾，据以提起公诉，不符合证据法则；但是至今违法检察官都没有受到惩处，太极门人权迫害案所揭露的问题，至今也没有变革，显示执政者的傲慢与不负责，对不起人民。
魏赐聪举出法令明文规定气功不准设立补习班；根据台湾省政府教育厅(民国)86年6月20日(86)教五字第69135号函，关於五术(面相、手相、地理、风水、气功、易经、紫微等)之传授似属民俗技艺，与短期补习班设立目的不合，依规定不准设立补习班。更何况，教育部（补习班所属的主管单位）已多次发函证明太极门并非补习班，足证国税局开单课税自始违法，所以(民国)81年度是枉法裁判。可惜所有的官员竟然弃之不顾，呼吁政府马上解决。