真理大學法律系所教授/法稅改革聯盟發起人吳景欽認為，美國康州1985年的案件被認定誤判的原因之一，是康州的法醫所、檢察官跟警察都是一體的，這就是公鑑定，陪審團收到了權威效應的關係。康州選擇了承認錯誤，願意賠償；但台灣不是選擇認錯，而是讓一個違法亂紀的檢察官可以往上升官，而且竟然成為最需要公正客觀中立的法醫研究所所長，這絕對是不好的示範。
國立中興大學法律專業學院教授李惠宗表示，司法權如同免疫系統般，是維持國家安定非常重要的機制。司法也會有判決錯誤的時候，這也成為最重要的問題。以前威權時代錯誤判決，會用轉型正義來撤銷確定判決；從轉型正義的角度來看，撤銷白色恐怖時期所做成的違法判決，的確是可以恢復的。在太極門這個指標性的案件裡，如果能夠得到最後的翻案，相信台灣比較理想的境界，應該是指日可待！

中華道統聯盟主席林均霖表示，轉型正義的原則，第一要糾正過去，第二要懲處，第三要避免未來發生。例如對待太極門不當稅單的開罰，沒有糾正！沒有糾正哪來的懲處？沒有懲處哪來的避免？甚至別談要他們把這些事情坦誠公開，真是遙不可及啊！

律師翁意茹認為，八度被國際人權團體提送聯合國人權理事會的太極門案，是高度民主化台灣至今無法抹滅的汙點。台灣政府認定威權統治時期的範圍，僅限於1945年8月15日至1992年11月6日，但從1996年發生的太極門案中看出，當時政府仍以威權行為來迫害太極門師徒，迫害台灣自由民主憲政秩序。面對後威權時期的政府迫害行為，轉型正義亦應有所適用，始能真正平反太極門案件，落實「轉型正義」的真諦。