太極門案件在最高法院判決無罪、無欠稅、無違反稅捐稽徵法後，國稅局並未依之前財政部次長之承諾撤銷稅單。太極門弟子持續陳情。97年11月24日立委朱鳳芝將陳情書轉予調查局，調查局於同年12月9日函覆「本案稅捐核課及逃漏稅之審理處罰係屬稅捐稽徵機關權責」，表明稅捐機關應自行依職責處理。

99年6月17日立法院公聽會，財政部及中區國稅局已承諾撤回81年度綜所稅之強制執行，並於2個月內解決太極門稅案。公聽會之後，時任財政部長李述德陸續行文立法委員田秋堇、涂醒哲及周守訓，告知已發文要求中區國稅局審酌具體事實，依稅捐稽徵法第40條撤回執行。同年7月26日、8月27日中區國稅局及苗栗分局亦於公文表明：80至85年度綜合所得稅及罰鍰案，係基於同一基礎事實所作之核課處分，若為不同之見解，恐影響納稅義務人權益甚鉅，要求行政執行署新竹分署停止執行。

其實同年6月23日中區國稅局已在公文中自承：80至85年度係不同年度基於同一事實所作之核課，然除81年度判決確定外，其餘5個年度現仍於訴願階段審理中，若訴願決定與81年度原審判決有不一致之新事證，本局將依行政程序法第117條規定辦理。之後太極門不僅贏了訴願、行政訴訟，甚至在108年國稅局已將80、82~85年度稅單更正為零，基於行政一致性原則，同樣事實、相同證據及課稅方法之81年度稅單亦應撤銷，更不應把違法稅單作為執行名義，強行拍賣，將太極門修行聖地收歸國有。

無中生有的太極門案件，源於宗教掃黑之政治整肅，自始就不應偵辦、不應起訴、不應課稅，更不應有後續的強行拍賣。最高法院已經判決確定無罪、無欠稅；監察院也調查檢察官及國稅局確實有多項侵害人權之重大違法；財政部亦承諾撤回強制執行並終結太極門稅務案件；最高行政法院也判決認定太極門是氣功武術修行門派，並明指81年度綜所稅未及審酌新事實新證據，證實81年度是違誤稅單；且國稅局已承認太極門不是補習班。太極門稅務案件於法、於理早就應該撤銷。國稅局與行政執行署聯手將太極門修行聖地收歸國有，不僅違反我國強制執行法第53條、第113條之規定，更使太極門師徒弘法道業遭受嚴重破壞，並剝奪世界人權宣言及國際人權兩公約、憲法明文保障之宗教信仰自由，侵害文化生活選擇權、平等不受歧視及有效救濟等基本人權。

平反太極門假案意義重大，台灣必須擺脫戒嚴餘毒，鞏固民主法治體制。本案非法起訴衍生的違法課稅，權責機關有責任撤銷所有違法課稅處分、違法拍賣，歸還遭收歸國有之土地，以正本清源，還太極門師徒清白與公道。